细菌产生灭活抗菌药的酶：细菌所产生的酶使药物失活，有水解酶和合成酶。水解酶如β-内酰胺酶可水解青霉素和头孢菌素的活性环使其失活；合成酶如乙酰转移酶等可改变氨基糖苷类药物的分子结构。

细菌改变外膜屏障及主动流出机制：细菌可通过多种方式阻止抗菌药透过胞浆膜进入菌体内。如四环素的耐药菌株主要是由细菌产生的新蛋白质堵塞胞壁的水孔，使药物无法通过。

细菌改变自身的代谢途径：通过改变自身代谢途径而改变对营养物质的需要。如对磺胺类耐药的细菌，不再利用PABA和二氢蝶啶合成自身需要的叶酸，而是直接利用叶酸；也可通过产生抗菌药的拮抗物而耐药。